MIMIC-IV数据库介绍与使用说明

MIMIC-IV

一些基本逻辑各模块和table介绍TablesCoreHospICUEDCXRNote 官网及数据库下载网址2022.6.12 更新

在word中更加详细的列出了各table中tableSEO靠我所代表的含义以及我在使用中所遇到的问题，可在资源页面进行下载。

一些基本逻辑

病人定义：

subject_id

每个患者有唯一的subject_id

hadm_id

患者的每一次入院会有一个唯一的hadm_id

tSEO靠我ransfer_id

患者每一次更换病房会有一个唯一的transfer_id

stay_id

在相同类型病房内进行转移，则会更新一个transfer_id，但会有相同的stay_id，例如用ICU中的一个病SEO靠我房转移到另一个病房，则stay_id不变，transfer_id更新。

所有id的分配都是随机的，与时间先后无关。

date and time

后缀为date的，分辨率最低为天；后缀为timed的字段，分辨SEO靠我率最低为分钟。

charttime and storetime：分别是测量的记录时间与储存时间。通常以charttime为准

d and icd

命名为d_开头，为编码表。d_icd开头，为icd编码表。iSEO靠我cd结尾的表，为使用icd编码的记录表。

各模块和table介绍

在word中列出了各table中table所代表的含义以及我在使用中所遇到的问题，可在资源页面进行下载。

Tables

分为六个模块，CoreSEO靠我、Hosp、ICU、ED、CXR、Note

Core

Core模块包含患者跟踪数据。这里描述了人口统计、入院信息和住院病房转院情况

admission

患者入院信息，以每次入院为单位记录，每条记录有一个单独的SEO靠我hadm_id

patient

患者信息

transfers 病房转移信息

Hosp

Hosp模块涵盖的信息包括实验室测量，微生物学，药物管理，和收费诊断等

d_icd_diagnoses

包含国际疾病分类(ICD)SEO靠我第9版和第10版的诊断代码。icd_code一定要读取为字符串，因为开头为0是有意义的，若读取为数值会有重复，如01622和1622代表不同疾病。

diagnoses_icd

患者诊断信息表。seq_nuSEO靠我m代表诊断的优先级，序号越靠前越重要，而低优先级的排序有时并不准确。drgcodes

也是与诊断相关的表，使用Diagnosis Related Group(DRG) code.编码，与diagnoseSEO靠我表中的主要诊断相对应。

d_icd_procedures procedures_icd

患者住院期间的手术信息，包括在ICU期间的信息。

d_labitems

实验室检查定义表

labevents

病人实验室检查的SEO靠我记录

prescriptions

处方数据，药物数据

pharmacy

药房数据表，以pharmacy_id字段与prescriptions表相关联，相当于对prescriptions表中各处方信息的补充。

此SEO靠我外，还有微生物培养、收费、订单等表格

ICU

包含从ICU内使用的临床信息系统收集的信息。记录在案的数据包括静脉给药、呼吸机设置和其他图表项目等。

每个患者每次入院可能有多次icu，每次icu对应一个staSEO靠我y_id

d_items

包含ICU内发生的所有项目的编码，通过itemid字段与ICU模块内的其他表格关联。

ICU stays

入住ICU的时间信息

charteventsChartevents包含了一个病SEO靠我人可用的所有图表数据，有些lab数据与labevents表中的数据重复。

ED

急诊信息，包含急诊诊断，病人体征等信息。通过subject_id和hadm_id与其他模块相连接。急诊的患者如有hadm_iSEO靠我d，则说明该患者住院治疗。ed患者不一定住院，住院的患者也不一定从急诊入院。

diagnosis table

诊断表为患者提供诊断列表。从急诊科出院后确定诊断。

edstays table

急诊科来访的主要跟SEO靠我踪表。它提供了病人进入急诊科和离开急诊科的时间

medrecon table

在进入急诊室时，工作人员会询问病人目前正在服用什么药物。这个过程被称为药物协调，医疗检查表存储了护理人员的调查结果

pyxis SEO靠我table

提供了通过pyxis系统配制药物的信息。

triage table

包含病人在急诊室第一次分诊时生命体征信息

vitalsign table

急诊室收治的病人常规的生命体征需要1-4小时。这些生命体SEO靠我征保存在生命体征表中

vitalsign_hl7 table 急诊收治的病人可通过遥测技术进行监测。每分钟的生命体征都被传送到医院的中央服务器，这些生命体征都被记录在这里。

CXR

X光胸片文件，源数据是diSEO靠我com格式，但也提供了jpg格式的下载。包含了胸片及影像学报告。值得注意的是，存在有影像的患者没有住院记录的情况。

cxr-record-list

影像列表

cxr-study-list

影响报告列表

mimiSEO靠我c-cxr-2.0.0-chexpert

使用CheXpert labeler（基于影像学报告的非人工标注，斯坦福与麻省理工合作）标注了14个标签，标签如下表

mimic-cxr-2.0.0-split提SEO靠我供了参考的训练集、验证集、测试集划分

Note

官方还未发布

(NOT PUBLICLY AVAILABLE): 所有文本报告，出院、超声、心电、影像等报告

官网及数据库下载网址

官方介绍见 MIMIC官方网站SEO靠我 MIMIC-IV 数据库下载见 MIMIC-IV发布页 X光胸片dicom格式数据下载见 MMIC-CXR Database X光胸片JPG格式数据见 MIMIC-CXR-JPG 急诊数据见 MIMIC-ISEO靠我V-ED

2022.6.12 更新

MIMIC-IV于2022.6.12发布V2.0版本，有以下变动

一、主要变化移除了core模块，目前admissions, patients 和 transfers 表SEO靠我格存在hosp模块里；移除了新生儿数据，后续将与新生儿重症监护室的数据一起在其他项目中单独发布。添加了两个新表，ingredientevents和omr

二、ICU模块

icustays

由于patientSEO靠我表的变化，大约700个stayids（约1%）发生了改变。chartevents, d_items

chartevents表中新增加了itemid=220001，以记录来自MetaVision 的100SEO靠我0多个问题 。大多数记录在案的问题与患者的护理计划有关，并在护士轮班期间（早上 7 点或晚上 7 点）记录在案。ingredientevents

这是一个与 inputevents关联的新表。在 inpSEO靠我utevents表中跟踪的每一次静脉给药都与一组成分相关。这些成分包括含水量、热量信息等。 inputevents表支持营养学相关研究，并通过对所有水成分求和以用于评估fluid input。目前，这SEO靠我些成分已从inputevents表中分离出来，添加至新表ingredientevents中。inputevents

仅删除了包含空值的列：cancelreasonprocedureevents

删除了以下SEO靠我仅包含空值的列：

totalamount, totalamountuom, cancelreason, comments_editedby, comments_canceledby, comments_SEO靠我date, secondaryordercategoryname.

三、Hops模块

admissions

修复了患者通过急诊入院时缺少 edregtime 和 edouttime 的问题。patientsSEO靠我 dod现在填充了来自州死亡记录的院外死亡。对于入住 ICU 的患者，这一变化已将死亡日期记录从 8,223 条增加到 23,844 条（即，2.0版本中另外有15621名ICU患者的院外死亡记录）。SEO靠我也就是说，2.0版本的mimic iv中有随访数据了！2.0版本中患者纳入MIMIC中的机制有所不同。很大程度上优化了合并同一患者多个医疗记录号码的逻辑。由于此更改，大多数表的数据内容都发生了变化。大SEO靠我约有1%的stays受到了影响。 transfers

修复了hadm_id为NULL的 ED 患者（即只入ED没有入院的患者）的outtime问题。原先存在的问题导致transfers表中所有hadm_SEO靠我id为NULL的患者在院内停留时间是错误的。2.0版本中已经修正了outtime列的这个问题。labevents, d_labitems 更改了d_labitems表中的43项itemid。loincSEO靠我_code列已被删除。将在官方git代码仓中协作开发，其初始值将来自医院系统。

③许多以前在comments字段中有值的实验室指标现在在value字段中也有值。 microbiologyevents

miSEO靠我crobiologyevents表中增加了新的病原体、检验、标本和抗生素。omr

omr是一个新添加的表。 此数据的来源是在线医疗记录，其中包含有个人健康状况的多种信息。从 v2.0 开始， omr 表SEO靠我具有以下信息：血压、身高、体重、BMI和估计肾小球滤过率 (eGFR)。这些值可从住院和门诊访问中获得，并且在许多情况下，患者住院前的“基线”值是可用的。prescriptions

formulary_SEO靠我drug_cd列已添加回来（以前在MIMIC-III中有）。此列与 emar_detail表中product_code列具有相同的值。